Os pais ou responsáveis devem ir até a instituição de ensino onde o aluno vai estudar, para realizar a matrícula. Segundo a secretária municipal de educação e cultura, Andreia Molin, a maior preocupação é com as matrículas de novos alunos, neste caso, os pais não podem perder o prazo.

Fazem parte da rede municipal de ensino de Santo Expedito do Sul a escola Cristiano Kern, da localidade de Linha Kern, escola Professora Loreni Moreira, localizada na comunidade de Caravágio e a escola de educação infantil Criança Feliz, situada na sede do município.